乾隆中叶，清廷平定准回二部，将天山南北纳入清朝直接统治。因久经战乱，新疆百废待兴。随着统治者移民实边政策的实施，各类“外来人口”自动或被动地投入新疆的驻守与开发中。其内，就包括数量庞大的遣犯群体。
自清廷定例将部分军流遣犯发往新疆，迄乾隆末年，发遣新疆渐成制度。其间，发遣条例几经修订，发遣区域多有调整，这些都与清廷对新疆的统治逐渐稳固密不可分。
条例初定遣犯始发新疆，最后由湖北道监察御史刘宗魏提出，拟旨在减轻军流人犯给内地各省带来的治安隐患；
同时，讨平准噶尔收归版图的新辟疆土，与内地相隔甚远，可谓不折不扣的边外极苦之地。
这片新土亟待开发，重罪之犯的发往，不只予罪犯以严惩，亦能补充当地屯田劳力。这一提议深得圣心，经军机大臣与刑部详议，定将盗贼抢夺、挖坟、应拟军流人犯，无论有无妻室，概发巴里坤，指一地亩令其耕种；
并各处已到配军流等犯，除年久安静有业者外，无业少壮曾有过犯者，一并改发新疆种地。
对发往巴里坤种地的罪犯，地方官员在最后办理时并不顺利。巴里坤办事大臣阿里衮未能精确理解圣意，拟分屯筑堡、相度地亩以酌量安置此类遣犯。
此举遭乾隆帝严斥，指出此等发遣人犯，皆为情罪严重应死之人，念有一线可原免其死罪，留于内地恐徒致扰累善良，因而发往巴里坤等处种地，能否自力谋生，听任则已，为其大费帑金，经理久远之计实属笑谈。
明确将此类遣犯指给绿营屯田兵丁为奴，督课取力。
朝中亦不乏对重犯发遣新疆例意见相左者。御史朱嵇就曾以递解多费口粮等因奏请，将改发巴里坤人犯，酌量仍复旧例发遣。对此乾隆帝态度坚决，指出免死减等人犯，原有发遣黑龙江等处为奴者，现西陲既定，巴里坤久属内地，则改发人犯与黑龙江等处无异。
认为发遣新疆，既不致渐染腹地民俗，又可力耕自给，实为一举两得之举措。
随即，在乾隆帝的谕旨下罪犯发遣新疆之战拉开帷幕。定例之初，监察御史刘宗魏次要着
军机大臣傅恒等人奉旨针对军流人犯全面权衡下，酌议增至二十条，稍经增补，构成应发新疆款项二十二条。同为发往新疆遣犯，罪由轻重并不相同，其内有原例遣罪发往新疆者，亦有改遣新疆者。
除这些条款外，至乾隆末年，亦有多条经议新定奏发、改发新疆者。诸如：乾隆四十一年奏发新疆之“军营脱逃兵丁在军务未竣以前投首者”，四十八年酌定改发新疆之“姑凌虐其媳蓄意谋害情节残忍者”。
五十一年奏定，“枷示已逾十年之犯，其原拟死罪，并发遣新疆，情节较重者，发往伊犁等处，原拟发黑龙江等处者，发往乌鲁木齐，原拟军流以下者，发往黑龙江等处，其拟发新疆各犯，如当日犯事时，系在伊犁乌鲁木齐等处者，互相调发，分别旗民当差为奴，旗人原拟销去旗档者，照民人例为奴，令配所官员加意稽查管束”。
又有五十三年改发新疆之“台湾无籍游民犷悍善良肆行不法应拟军情重者”等。对发布新疆条款，学界多有关注，此处不再赘述。
清律中，对职官因罪发遣新疆，并无明确律条，“若文武职官犯徒以上，轻则军台效力，重者新疆当差。成案相沿，遂为定例。”
《清朝续文献通考》载：“官犯一项，定章凡职官犯罪，按民人应拟徒者，职官从重发往军台效力；按民人应拟流者，职官从重发往新疆效力。以其明知故犯，故较民人加重数等，以警官邪。”
官犯以其犯罪性质，可分为公罪、私罪。公罪指因执行公务、办理公事而犯罪，客观上无私曲之情；私罪则指出于个人利益而徇私枉法、贪污受贿、投机钻营者，因公获罪但出于有心为之者亦属此类，如徇庇属员等，发遣新疆官犯的罪由繁多。
吴佳玲根据乾嘉时期二百八十余条判例，归纳出官犯发往新疆的罪由十五条。值得关注的是，官员被发遣，皇权在其中影响力尤甚，帝王的个人好恶喜怒往往起到决定性作用。条例调整乾隆二十四年，甘肃因灾歉收，粮价高昂，大量遣犯到甘递解，其所需口粮等项给当地带来不小压力。
总督吴达善奏请暂停佥解发遣巴里坤人犯妻小。此奏使乾隆帝思及此前巴里坤欲筑屯安置遣犯之事，认为吴达善豢养此等罪犯而转亏贫民赈恤，有妨民食之需，实谓因噎废食，轻重倒置。虽加以呵斥，但终经部覆，将未经佥解人犯暂行停止。
乾隆二十六年，甘省年谷时熟，新疆屯田收获亦为充裕，自应仍照前例继续发遣，谕令恢复发遣新疆。惟此前大量罪犯集中发遣新疆，凸显出诸多难题，诸如遣犯佥解中各地州县对应不及，多有混乱，再则，因军务未竣、仓储匮乏，致使无法供给遣犯口食等。
基于此，恢复罪犯发遣新疆时，酌减从前所议条例，定责其桀骜难驯、屡惩屡犯者，如强窃盗贼、抢夺发冢凶徒等，照原议发巴里坤给种地绿旗兵丁为奴，其余仍依各犯本律应配地方分别充配。
此内“抢窃满贯及三犯窃赃，数至五十两，拟绞三次缓决以上者”，原照强盗免死发遣例改发巴里坤等处种地，停遣后仍改发云贵两广烟瘴在案。
二十九年经部奏定，此等人犯仍照原议改发乌鲁木齐、伊犁等处给兵丁为奴，其中，年在六十以上及废疾者，仍照例发往四省。随着遣犯的逐年增发，管束压力激增，乾隆三十一年二月，乌鲁木齐办事大臣伍弥泰奏请，暂停由各省往乌鲁木齐发遣人犯。
理由为：遣犯多、兵丁少，且兵丁尚需承差、屯田等，无力无效管束遣犯，日久，恐人犯重拾恶习，于当地屯务、商民皆无裨益。
此举遭乾隆帝严饬，认为此类身获重罪免死发遣之人，若到配仍怙恶不顾，寻衅滋事或有脱逃者，即行正法示众，如此，此等人犯安得不知儆惧，且既知循分耕作，则愈多愈善，有何不便之处？
乾隆三十一年四月，又有伊犁将军明瑞具奏，发至伊犁给绿营兵丁为奴遣犯内，部分遣犯不只难以管束役使，还多行恶事。
虽于拿获后即行正法，奈何数量较多，一时不能办结。此类积恶惯犯，系自发遣地方复逃之犯，或因屡次犯罪，不改恶习，改发伊犁给兵丁为奴者，不可与他类罪犯相比，积聚过多，对边疆各新昂吉风气无益。
由此请旨，将积匪猾贼、数次脱逃罪犯停发伊犁等处。新疆治安事件频发，其内以积恶惯犯生事者为众，屡有犯窃事，累苦当地。伊犁、乌鲁木齐地处边疆，又属初创之地，法度严格，尤其对这些遣犯。
虽言积匪猾贼者，正法一则可除一，但接连增发，不只无益于当地，亦耗费兵力、官粮佥解，屡屡犯案正法下，其结果与递解万里为得其力之念相去甚远。
乾隆三十二年三月，伊犁将军阿桂再次提出，此类发遣为奴之积匪猾贼，或屡犯窃案，或原省内屡窃改发他省，又于发遣地复窃者，恐累及当地，方改发伊犁、乌鲁木齐等地，亦为此类罪人留一生路。
然此等恶犯，恶习已定，断不肯出力换一口食以安分度日。请嗣后积匪猾贼停发伊犁、乌鲁木齐。经军机大臣议覆，乾隆帝谕准，更定停发新疆遣犯例：“其非积凶，尚易约束，仍照例遣发者六条。
其积匪猾贼，及回人行窃等犯，应将向例停止发遣者十六条。请饬部分别行文各直省，凡未结及已结未解案犯，俱遵照新例办理。”
此次停发新疆十六条内，对原“三次犯窃罪应充军者”中，“三次犯窃计赃五十两以下至三十两者”仍发内地，找原例充发，“三次犯窃计赃三十两以下至十两者”则较原例加一等改发边卫充军。新疆冬季严寒，来自南方诸省的人繁多无法顺应，且不堪劳作者众多。
自乾隆三十一年冬至三十二年正月间，发遣伊犁人犯内，沿途病故或因不堪严寒冻死之人达百余，且以后者居多。
阿桂认为，江南等省人凡经长途佥解到配方，不只无法取力，还需耗费口粮、监管人员。遂奏请，嗣后应发伊犁、乌鲁木齐人犯内，直隶、山东等六省人犯照常佥解，江南等省停止发往。罪犯发遣新疆，直接的目的就是为了充实新疆的劳动人口。
发往人犯中，老疾残废，及年逾五十不能耕种之人多不在其列。为遵照这一目的，发遣条例的调整亦向此倾斜。
乾隆三十二年，十六条停发新疆，使发往人数大幅缩减。随着新疆驻防体系的日益完善，生产开发的逐渐推进，新疆劳动力缺口再次显现。四十四年九月，巴里坤屯田遣犯额缺，乌鲁木齐都统索诺木策凌奏请截留途径之发乌鲁木齐遣犯顶补。
经军机大臣议覆，将三十二年停发新疆十六条仍发新疆，视其情节轻重，分别种地为奴。其中，“老疾残废，及年逾五十不能耕种之人”并不发往；另，“抢夺伤人为从者”，于四十二年改称“抢夺金刃伤人及折伤下手为从者”，与“抢夺伤人伤非金刃伤轻平复为首者”同属此次仍发新疆酌拨种地当差之条。
至乾隆四十八年，伊犁遣犯积有三千数百余名，类多顽梗不安本分之徒，最易滋事，持续增发必致遣犯多于防兵，非慎重边防之举。
经伊犁将军伊勒图奏请，将拟发新疆二十二条内，除情节尚非善良棍徒，易于约束者六条，仍照例发往；积匪猾贼、窃盗拒捕等犯，酌量改发内地。经刑部议覆，准除十一条仍发新疆外，另十二条概停发新疆改发内地。
罪犯发遣新疆条例的调整，多以各地遣犯多寡，进而相互调剂。随着新疆遣犯日益增多，尤其伊犁可容纳遣犯日益饱和，清廷将大部分遣犯改发别处。遣返到配件基数的减少，直接导致伊犁厂局船工不服。
为此，嘉庆六年，将发回疆五项人犯、乌鲁木齐等处遣犯、洋盗案内在外瞭望接递赃物，例应发往黑龙江打牲索伦达呼尔为奴盗犯，一并发往伊犁，分别当差为奴。
各厂劳役短缺稍事缓解后，八年又定前项各犯照原例配发，发遣新疆各犯亦毋庸专发伊犁，令陕甘总督均匀酌拨。短短数年，发遣条款更易两次，不只说明清廷对边陲军事重地伊犁的注重，也反映出发遣章程的不尽合理处。
为处理此类因遣犯时多时寡形成条款频繁更易的问题，规定由伊犁将军酌量各该处人数，随时酌拨调剂。
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